Em um mundo onde o tempo passa engatinhando e o sangue de seus vizinhos é azul, o estudante Ayato Kamina começa seu dia em Tokyo Jupiter sem saber como é o mundo real a sua volta. Ele foi educado, desde criança, que o mundo todo, exceto Tokyo, foi destruído. Mas isso muda quando uma misteriosa civilização chamada MU invade o céu de Tokyo espalhando destruição através de monstros chamados Dolems. Os eventos que ocorrem em seguida levam Ayato a conhecer a misteriosa Reika Mishima, a verdadeira razão de sua existência, o que ele é e a conhecer o poderoso robô angelical RahXephon.